近年來，由于重點流域中上游企業、園區越來越多，新興城鎮星羅密布，水污染事件也越來越多，為我國備用水源建設滯后敲響了警鐘。據了解，不少城市備用水源建設陷入滯后，應急方案大多停留在紙面上，水質性、水量性缺水及中水、雨水和海水等綜合利用水平較低，導致備用水源建設遭遇窘境。
2005年，苯類污染物流入松花江引起重大水污染事件，哈爾濱全城停水4天；2007年，太湖藍藻事件引發市民搶水；2011年6月，杭州新安江苯酚污染事件引發市民恐慌；2012年，因一韓籍輪船運送苯酚在長江泄漏導致鎮江自來水有異味，南通、上海也跟著緊張；近期爆發的蘭州、武漢水污染事件更是吸引全社會目光。不難看出，缺少備用水源使城市用水失序，對重大水污染事件缺乏有效應對策略折射備用水源建設短板。
北京密云水庫和天津市環保局相關工作人員表示，目前，全國各大城市基本都建設有備用水源，也制訂了《備用水源應急預案》，但大多數都停留在紙面上，不少預案都沒有演練過。據悉，不少城市愿將地表水、地下水作為城市備用水源建設的主水源，卻面臨嚴重缺水問題。中水、雨水及海水等第二水源可以作為備用水源，但相關開發利用卻嚴重滯后，開發利用不足。主水源缺水和第二水源開發不足導致備用水源建設滯后。
水利部數據顯示，截至去年，中國水庫水源地水質達標率達到89%，湖泊水源地水質較差約為30%，地下水水源地水質達標率大約為40%。
中國工程院院士、中國水利水電科學研究院水資源研究所所長王浩表示，鑒于當前水污染嚴重，備用水源建設不能僅依靠地表水和地下水，要更加注重雨水、海水及中水的開發力度，這在華北這一水量性缺水的地區尤為重要。然而“三水”開發利用嚴重不足。在雨水收集方面，我國不少城市不僅沒有充分收集利用，還引發洪水災害，特別是初雨污染嚴重“由于雨污分流不健全，流入河道的初雨化學需氧量(COD)會到達數千，可謂一場雨一場污染。
城市污水再生利用也可作為備用水源。污水進入市政管網，再進入污水處理廠達標處理，可以實現城市用水“大循環”。但在實際操作中，要實現中水回用卻遇到諸多現實難題，不僅要對處理完的中水進行消毒，還需要配備完整的城市中水管網配備體系，相關建設滯后。
海水淡化同樣面臨加工成本過高，管網鋪設不到位的困境。但不少專業做海水淡化的市場主體，無論是膜處理還是兩種方法結合，都因為成本過高，不少虧損運營。此外，受管網鋪設滯后和價格機制的影響，海水淡化工程在海濱城市尚未*展開。