1、壓差的作用
潔凈室中的被操作對象有多種多樣，在操作過程中，有些對象會產生對人有害甚至是有生物學危險的氣溶膠。所以不管在潔凈室中生產產品，還是進行病毒研究，既要保護產品不受外界污染，也要使操作過程中產生的污染不外泄。除了采用密封很好的潔凈室屏障保護外，還需利用壓差的作用，使氣流按規定的方向流動。如正壓潔凈室其靜壓大于鄰室或環境的靜壓，利用這種壓差作用，使潔凈室中的空氣只能向外流動，防止了鄰室或室外環境對潔凈室的污染。負壓潔凈室與此相反，在潔凈室內做一些有生物學危險的操作，或者在操作過程中會產生強烈致敏性的藥塵等，需要利用這種壓差，使污染物控制在待定的范圍之內。所以，通過這種壓差和潔凈室的密封圍護結構的共同作用，形成屏障保護系統，達到控制污染的目的。
2、控制方法
（1）回風口控制
通過調節回風百葉的氣流通道或阻尼層阻力來調節回風量，達到控制室內靜壓的目的。此方法簡單易行，但調節量有限。僅靠調節百葉角度使潔凈室的正壓只能增加1Pa多。通過調節阻尼層（過濾布）阻力，調節的幅度能大一些。
（2）回風閥控制
在潔凈室凈化空調設計中，每個回風支管上都應安裝調節閥，否則，壓差不好調節。在潔凈室中，送風量是要求恒定的，當排風量確定后，室內壓差靠調節支管上的回風閥來實現，此方法對壓差的提升作用很有效。
（3）余壓閥控制
余壓閥調節壓差是通過改變其上的平衡滑塊的位置來改變余壓閥的開度，實現室內壓力控制。
（4）自動控制
這是非常好的控制方法。根據潔凈室的性質，有不同的控制方案。有控制排風的，有控制回風的，也有控制新風的。其原理是：通過敏感元件檢測到室內壓力的變化并傳輸給控制器，控制器發出調節指令由執行機構來調節閥門的大小或改變風機轉速，以達到控制壓差的目的。
對于未設自動控制系統的潔凈室，定期手動調節壓差也能滿足一般的要求。對于一個系統，隨著運行時間的增加，過濾器阻力不斷增加，送風量會不斷減小。在末端高效過濾器的使用期內，通過清洗粗效、中效過濾器（破損時更換）來減小系統阻力，以達到需要的風量（必要時開大送風調節閥）。在定期調節送風量的過程中，對新風閥和回風總閥也需同步微調，以使整個系統處于所需的壓差環境中，然后再對每個潔凈室做調節（因為回風過濾層的阻力變化，使潔凈室的壓差也發生變化）。若是1Pa左右的微調，可通過調節百葉角度來實現。否則，調節回風支管上的閥門，一般3～6個月調一次。