風機過濾單元頂部進風口有的裝有粗效過濾器，有的未裝。有的設有送風管接口，有的未設。不裝粗效過濾器的FFU外形尺寸的厚度比裝粗效過濾器的厚度小、噪聲低、功耗小。使用時如果采用不接送風支管的自循環式且進風口無粗效過濾器，應在潔凈室的回風口處裝粗效過濾器進行保護；如果采用連接送風支管的系統，FFU中的高效過濾器可由空氣處理機組中的粗效、中效過濾器保護。置于選擇何種風機過濾單元，采用何種系統形式應因工程性質、噪聲要求、熱濕負荷等條件決定。
有一種系統，是有FFU組合，不接送風支管，通過夾道回風的自循環式加新風系統。工藝生產線處的潔凈度由FFU送風末端自循環來保證，熱、濕負荷可由新風來承擔。這種系統只適用于熱濕負荷較小的潔凈車間。如果熱濕負荷較大，僅靠新風來承擔是不行的。這種情況下，有多種辦法來解決。比如，可在回風夾道或在吊頂夾層內裝設冷卻去濕機組，通過該機組的自循環來吸收余熱余濕。也有在夾道或吊頂夾層內裝設干盤管，只調節溫度。這樣做可避免濕盤管的冷凝水造成的污染。此種系統，吊頂夾層內被FFU的風機抽吸成負壓，這就降低了安裝工程的技術難度，即使FFU與支撐框架間的微小縫隙密封不嚴，在運行工況下，吊頂夾層內的污染物也不會滲入車間內。但凈化系統停止運行時，這種污染不可避免。這就增加了系統啟動前的自凈時間。這種系統形式，對吊頂夾層內的壁面裝飾也應嚴格要求，應采用滿足潔凈室裝修要求的材料進行裝飾。對該夾層內的電纜橋架、通信管線、工藝管線均應嚴格要求，做到不產塵，不宜積塵，不散發有害氣體。此系統可通過中央控制系統逐臺控制FFU，這就使某些非連續性的生產工藝在非工作時段停止FFU工作成為可能。僅靠新風來保持潔凈室正壓。這種運行方式節能潛力很大。FFU單臺噪聲不大，但當聯片安裝時疊加噪聲較大。比較適用的降噪措施是把吊頂夾層和回風夾道做成消聲箱。這種噪聲屬低頻噪聲，比處理高頻噪聲難，采用孔徑為1mm左右的微穿孔板做消聲材料，空腔厚度取50～100mm，這種消聲結構*符合潔凈工程的要求。有些技術人員不太注重對回風夾道的消聲處理。事實上，FFU出風面有高效過濾器，而進風口直通吊頂夾層。所以傳向吊頂夾層內的噪聲比直接傳向潔凈室的噪聲要大，該噪聲經吊頂夾層內表面的吸收、反射，再通過吊頂縫隙，回風夾道傳向潔凈室。所以，吊頂拼接縫的密封、回風夾道的消聲就顯得至關重要。
另一種FFU是在進風口處裝有風管接口，其形狀以圓形居多。這種系統形式中，FFU中的風機起接力風機的作用，其全壓比不帶風管接口的要小，只要能克服高效過濾器阻力即可。這樣，也可使空氣處理機組的余壓小些，降低系統噪聲。對吊頂夾層內的裝飾要求可降低，這種系統對室內不同的熱濕負荷都能很好的滿足。但大的缺點是風管尺寸大，占用較大的建筑空間。FFU靈活布置的*性也不能體現。如生產工藝線改變時，由于有連接管道的存在，FFU可隨工藝線位置的改變而與之適應。這種系統實際上是把FFU當做一般送風口來使用。優點是能保證每個FFU出風均勻，也能使空氣處理機組的余壓降低，從而使機組噪聲降低。但FFU產生的噪聲抵消了上述噪聲的降低，且FFU產生的噪聲位于送風末端，增加了降噪的困難。總之，在這種系統中，風機起的作用是弊大于利，若把風機拆掉，上述缺陷可以彌補，但這已不是FFU了，而是形似FFU的送風口，生產廠家也生產這種不帶風機的FFU。