生物安全柜的工作原理是保持安全柜內的負壓，讓氣流從外部進入安全柜，組織柜內的病原微生物溢出，從而保護實驗操作者，同時其循環風和排風經過過濾器過濾，又能保護產品和實驗室環境。過濾器是其中比較重要的環節，生物安全柜更換過濾器后對操作人員保護、產品保護和交叉污染的防護性能。
過濾器有其使用壽命。如何判斷過濾器需要更換：
a.隨著使用周期的延長，塵埃及細菌積聚于過濾器會導致過濾器壓力損失的增大。希望用戶將設備能運行于潔凈空氣的背景環境中，若長期運行于劣質空氣環境中會導致過濾器的頻繁更換。設備在運行過程中，若設備發出聲光報警且是因下降氣流或流入氣流流速低造成的(看顯示窗口分別所顯示數值低于設計要求)說明過濾器堵塞己十分嚴重，風機轉速己達到大值，系統無論如何調整都無法達到規定的風速值，此時必須更換過濾器。
b.查看控制面板上的風機累計運行時間，如果達到10000小時，通常需要更換過濾器，但不是必須更換，還要考慮使用環境的潔凈程度，使用習慣等.推薦采用a方法判斷是否需要更換過濾器。
生物安全柜過濾器更換方法如下：
1、先關閉電源開關切斷安全柜的電源連線。
2、拔出前掛門與箱體的接線合插座，把前掛門取下，平放。
3、操作人員做好防護措施后，取下過濾器安裝孔的蓋板。
4、取下壓過濾器壓板.取下過濾器，并同時把拆下廢過濾器裝進準備用的塑料袋，封好口待處理。
5、把新過濾器按要求裝好，恢復前拆下的配件，把掛門安裝并恢復電源連線。
6、通電后，要做有關過濾器方面的檢測，符合要求后才能使用。
7、以上工作要由專業人員完成。
特別注意：在使用安全柜的過程中，應注意不要將軟質、細微的物品(例如：軟紙巾，衛生棉球等)放在工作臺面上，以免其被臺上的回風隔柵吸入負壓風道和風機中，影響設備的運行。日常要進行檢查，保證過濾器與系統間的密封牢固無泄漏。一旦發生泄漏，應用扳手將螺絲帽適度擰緊，鑒于過濾器中可能充滿了生物危害性物質，因此應由專業人員對其進行更換或維修，在更換或維修之前，有必要對安全柜進行消毒清潔。
過濾器更換前，一定要將柜內表面及原超過濾器采用甲醛滅菌，更換時，盡量讓使用的實驗員在場(預先詢問實驗時使用的細菌)。手和身體有外傷者不得進行操作，操作人員一定要戴上防毒面具和橡膠手套。取出的過濾器要立即密封放入塑料袋內，再放入紙箱內，使用過的而具、手套也同樣處理，然后一起燒毀。在安裝新過濾器時，不要隨便將頭和身體伸到柜內，同樣要高度謹慎操作。