1、選擇經過專業培訓的施工隊伍
潔凈室施工涉及裝飾、暖通、電氣和醫用氣體等專業，施工人員須對潔凈室施工規范、施工工藝、施工質量有全面認識，否則，施工質量很難得到保障。
2、潔凈室內密封控制重點
潔凈室內密封控制重點內容是圍護結構的密封施工質量，如板材與板材之間應均勻涂密封膠，達到嚴密不漏風;潔凈室內的嵌壁器械柜與墻體之間、壁板上安裝的插座、開關、煙感探測器、照明箱體及醫用燈帶、觀片燈等都需要用密封膠進行密封，且器械柜中的各種管道和箱體之間也都必須采用可靠和有效的密封措施。
3、送回風管道質量控制
送回風系統管道的密封，是為防止不潔凈的空氣進入風管，阻止了風管內受污染的空氣滲透出去，從而可滿足潔凈室內的潔凈度和延長過濾器使用時間。施工中應重點控制管道加工、管道施工和設備的安裝質量。
管道加工時應著重做好風管設備的清潔和管道加工過程中的密封措施。管道加工時應采用鍍鋅鋼板制作，滿足平整、光滑、堅固及耐侵蝕的要求;消聲器內充填的消聲材料應不產塵、不掉渣(纖維)、不吸潮、無污染，不得用松散材料，纖維材料應為氈式材料，外覆可以防止纖維穿透的包材。不應采用泡沫塑料和離心玻璃棉。風管制作前用中性洗滌劑去油污，制作過程中防止劃傷，制作結束用白綢布揩擦內表面應無任何油污、灰跡為清洗合格。風管管段加工清洗合格后用塑料薄膜保護好風管兩端再運至現場安裝，所有風管配件及設備在安裝前都須擦拭干凈，否則不可安裝。
管道連接及設備安裝過程中應注意做好密封措施，避免二次污染，由于軟管、軟接頭有滯塵的問題，所以凈化管道和機動設備連接時可用軟接頭，但在管路上不宜使用。其次，控制二次微生物污染比二次污染更有意義，也更容易被忽視。二次微生物污染含在二次塵污染中，主要含在空調處理裝置中。空調處理裝置在運行時積累的細菌和塵粒，在停運期間，高溫高濕的環境和塵粒提供的營養為微生物的繁殖提供了zui有利的條件。新繁殖的微生物及其釋放出的有害有味氣體和大量有害代謝物、尸體和碎片這之中有很大一部分是過濾器不能阻擋的，于是就構成了微生物二次污染。
zui后，組合式空調機組所有接縫處都應作密封處理，表冷器凝結水排水管上設水封，以保證空調器密閉不漏風。