灌裝間也叫無菌室，無菌室的潔凈度一般從100級~100,000級，潔凈度等級可以參照《潔凈度等級參照表》，飲料工廠的無菌室設計潔凈度級別一般在1,000級~10,000級之間，填充包裝車間嚴格控制在100級，原料調配車間，加工及殺菌區可以設計為100,000級；無菌室內要保持正壓狀態，排氣量較機組進氣量少25%左右，無菌室與普通車間的壓差要求在200pa左右，不同等級的無菌室互相之間要求在67pa左右。
無菌室采用的潔凈式送風機組應包含制冷、初效過濾段、中效過濾段、風機段、增壓段等；冷量和新風經由經過保溫措施的風管送入潔凈無菌室區域，末端采用HEPA無隔板過濾器過濾系統，HEPA對0.3um以上的空氣塵埃粒子的過濾效率達99.995%以上，HEPA除過病菌外，空氣中所有的微生物幾乎可以全部過濾掉以達到的無菌效果。
無菌室的物料入口需要設置凈化裝置，如貨淋室、風淋通道等標準風淋門設備；  
無菌室的人員入口需要按照QS標準安裝風淋門，風淋門風速要求達23M/S以上，以達到除塵效果； 
無菌室回風口過濾系統：采用初效過濾器安裝于回風柱，避免回風被二次污染。