1、生物潔凈室空調系統的一個顯著的特點是要防止交叉感染，這個表現在空氣處理機組上面，主要是生物潔凈室用空氣處理機組要求采用全正壓設計，即把空氣處理機組的送風機放在zui前面，其余的功能段放在氣流的正壓段，防止外面的氣流進入空氣處理機組，引起交叉感染。防止交叉感染需要注意的是：轉輪熱回收、板式熱回收等不適合在醫院場合使用。盡管醫院是能耗大戶，但轉輪熱回收其工作原理是通過轉輪在排風和新風之間進行交換，容易產生交叉感染，在生物潔凈室中，熱管熱回收、盤管熱回收等技術由于沒有新排風接觸，而被廣泛的采用。
2、生物潔凈室空調系統的第二個顯著特點防止空調系統的二次污染。這個特點表現在空氣處理機組中主要有如下注意點：
（1） 空氣處理機組應該內壁板和內置件應該保持光潔，宜采用不銹鋼板，并把機組底部的直交角改為圓角，以方便清潔。
（2）空氣處理機組采用濕度控制優先，防止潮濕的空調在風管和過濾器表面滋生細菌。
（3）把熱交換器、過濾器等放在正壓段，風機一般要在停機時立即關閉新風閥，防止機組內表面結露，表冷器關閉后依然需要送風，吹干盤管和水盤的水，內壁溫度逐漸回升，防止細菌滋生，過濾器放在正壓段也可以避免空氣過濾器受潮，有效的防止細菌的滋生。
（4）熱交器采用親水赤片，單位英寸的翅片不宜過多，否則換熱翅片容易積塵。采用無凝水盤管。只要使機組進水溫度高于室內溫度與傳熱溫差之差，就可以保證空調機組中的換熱盤管干工況，這個需要和空調系統相結合才能實現，由新風來承擔室內的濕負荷。
（5）生物潔凈室用空氣處理機組一般不采用檔水板，這就要求盤管的迎面風速一般要小于2.5米/秒。
（6）電加熱采用不銹鋼光管制作-光滑無翅片、耐腐蝕、不容易積塵、易清洗。