潔凈廠房的建造應經過工程設計、工程施工安裝、工程驗收等過程。潔凈廠房設計、施工和驗收的主要依據除了國家的相關政策、當地的地方法規和工程業主方的各種要求外，電子工廠潔凈廠房建造的主要技術依據是國家標準《潔凈廠房設計規范》（GB50073-2001）、《潔凈室施工驗收規范》（JGJ71-90）以及其它的相關國家標準、規范等，如：《建筑設計防火規范》、《采暖通風與空氣調節設計規范》、《暖通與空調工程施工驗收規范》等。
潔凈廠房的建造程序中，工程設計必須遵循國家的有關規定，工程設計一般應經歷“可行性研究”、“初步設計”、“施工圖設計”等階段，并且每一階段的設計成果均應經過有關部門或單位審查、批準或圖紙審查。潔凈室還需根據具體工程情況、復雜程序等，必要時還需進行二次設計或潔凈室裝飾設計;需要時，公用動力設施還需進行部分裝置的詳圖設計等。
潔凈室經過精心施工完成后，潔凈室應進行嚴格的工程驗收，通常此類工程驗收分兩階段進行，竣工驗收和綜合性能全面評定。竣工驗收應在潔凈室系統聯動試驗8h后進行，驗收嚴格按《潔凈室施工驗收規范》中的各項檢測項目、要求進行，潔凈室占用狀態為空態或靜態，由施工方與業主商定。竣工驗收前后，應由施工方向業主提供全部相關技術資料、圖紙等全部驗收文件。
潔凈室綜合性能全面評定的檢測狀態由業主、施工方、設計方共同商定或兩方商定，并由有資格的檢測單位進行檢測，并提供符合要求的檢測報告。綜合性能全面評定必須經過潔凈室各種系統全面調試，全面運行24小時后才能進行。
為了有效地控制潔凈廠房的凈化空調系統的新風中的含塵量、有害物質含量和廠房周圍環境，應選擇在遠離鐵路、碼頭、機場、交通要道以及散發大量粉塵、煙氣和有害氣體的工廠、貯倉、堆場等。由于條件限制，不得已需要在環境質量較差的地方建造潔凈廠房時，則應選擇在嚴重空氣污染源的zui大頻率風向的上風向，并在工程設計中采取有效的技術措施，以確保潔凈生產環境的技術要求。潔凈廠房與交通頻繁的交通干道之間的距離宜大于50m，以減少道路灰塵對潔凈生產環境的影響。
總平面布置，為使潔凈廠房投入運行減少污染和經濟地運行，潔凈廠房的總平面布置應注意合理、妥善安排與非潔凈廠房和各種可能的污染之間的相對位置，如廠區內設有鍋爐房等大氣污染較重的設施時，潔凈廠房應盡量拉開與它們的距離或采取必要的技術措施，減少污染程序。合理安排潔凈廠房與輔助用房，公用動力用房，如潔凈廠房內電子產品生產相關的廢氣、廢水處理裝置或用防工制冷機房或特氣倉庫等的安排，應在符合國家有關標準規范的前提下，盡可能減少其間距離。
為了方便企業管理，減少廠區各種動力管線長度。合理布置各個潔凈室的人凈、物凈用房，并盡量做到降低對潔凈室的污染，在現行規范標準的各種規定允許的情況下，將各類潔凈室和相關的輔助用房、公用動力用房按組合式、大體量的一棟綜合性廠房進行布置。