生物安全實驗室是指具有一級防護設施的、可實現二級防護的生物實驗室。它由主實驗室、其他實驗室和輔助用房組成。生物安全實驗室分為4個級別，BSL-1適合于非常熟悉的病原體，對實驗員和環境的潛在危害小。BSL-2適合于對人和環境有中度潛在危險的病原體。BSL-3應用于臨床、診斷、教學、研究或者生產，在該級別實驗室中開展有關內源性和外源性病原體的工作時，若因暴露而吸入病原體，會引發嚴重的、可能致死的疾病。BSL-3實驗室應在建筑物一端或一側、人員走動少的區域，能防止人員隨便進入實驗室，應經兩邊有門的緩沖室進入實驗室，應有隔離走廊。實驗室內應有消毒設施，廢棄物應密封后通過通道運出。BSL-4比BSL-3要求更嚴，應設在獨立建筑物中，其外圍要有環形隔離走廊。
生物安全實驗室的核心是安全，包括人身安全、環境安全與廢棄物安全。人身安全通過生物安全柜和全新風系統來實現；環境安全要求排風必須經過除菌滅菌處理，人員退出時要經過淋浴、藥浴或化學沖淋，各種廢水要經過滅菌處理等；廢棄物安全要求廢棄物的處理必須以安全為目的。
總圖設計時應強調隔離，平面設計時應嚴格分區，對建有2~4級生物安全實驗室的建筑，應劃分污染區、半污染區和清潔區。建筑結構應特殊加強，3級實驗室宜用單層結構，而4級則必須如此。
污染控制設計動態隔離是核心，排風措施是重點，強調就地消毒，重視潔污分流，防止意外擴散，進行適度潔凈處理，保持相鄰房間以及實驗室內外相對的負壓差。動態隔離，在實驗室關門狀態下，只要幾Pa的負壓，就可以保證室內污染物不向外泄漏，而在開門狀態下，隨著人的走動，容易引起氣溶膠的交叉傳播，因此，在開門狀態下需有向內的氣流以防止污染物的傳播。排風應做到：排風機必須設備用，排風管道應采用負壓管道，排風過濾器要能檢漏。實驗室排風與實驗室送風、安全柜排風應有必要的聯鎖控制。能保證室內負壓永遠低于安全柜內負壓。排風不應采用高速排放方案。
生物安全實驗室進入路線上一般不設淋浴室。退出路線上如工藝有要求則可設淋浴室。4級生物安全實驗室退出路線上應設藥浴和化學淋浴沖洗室。II級及以上安全柜必須在2級及以上實驗室中使用，不允許用安全柜排風代替房間排風口排風。