根據生物潔凈技術的最新發展，生物潔凈室可分為一般生物潔凈室和隔離式生物潔凈室即生物安全潔凈室兩大類。
一般生物潔凈室簡稱生物潔凈室，是為了防止工作對象的微生物污染，例如潔凈手術室，是為了防止細菌感染患者的手術部位，對于工作人員本身一般沒有危險，和工業潔凈室一樣，也要在室內保持正壓。
一、形式
一般生物潔凈室的形式和工業潔凈室沒有原則差別，前者是以空氣潔凈度作為必要保障條件。其中對于醫院用的生物潔凈室特別是手術室，是垂直單向流好，還是水平單向流好，這個問題一直有爭論。下表是對這兩種潔凈室的比較：

如果將多個亂流送風口集中布置，則出現擴大的主流區，效果會更好。凡是通過空氣凈化及其它綜合措施，使室內的整個工作區域成為潔凈空氣環境，這種做法稱全面凈化。凡僅使室內的局部工作區域特定的局部空間成為潔凈空氣環境，這種做法稱局部凈化。在滿足工藝要求的條件下應盡量采用局部凈化。
對這種集中送風做法的效果給出理論解釋，做出詳盡規定，明確區分手術區與周邊區標準的則始于我國。這種做法可以用6級的換氣次數實現中心手術區5級和周邊區6級潔凈度；用7級的換氣次數實現中心手術區6級和周邊區7級潔凈度；用8級的換氣次數實現中心手術區7級和周邊區8級潔凈度。具有明顯的節能效果。

上圖是我國潔凈手術室集中送風面積的區分。
二、風速
這里要討論的生物潔凈室的風速，是指單向流形式的生物潔凈室。對于這種潔凈室的截面風速，應參照前面的下限風速分檔建議值。這不僅有討論下限風速時指出的原因，而且對于醫院的生物潔凈室還應指出以下幾點：
1、由前面討論的菌塵關系可知，單向流形式的生物潔凈室送風速度不采用0.5m/s，對于室內的細菌濃度應沒有影響。英國的一項實驗測定，對在垂直單向流手術室中16例手術，直接在產生細菌最多的患者的手術切口中央的下面采樣，測得該處細菌數和室內風速的關系，可以看出，對于垂直單向流潔凈室，大約在0.3m/s以后，對于水平單向流潔凈室大約在0.35m/s以后，室內細菌濃度已趨于穩定，提高風速對效果的改善已經極微。這一結果和前面提出的下限風速中檔建議值完quan吻合。該測定結果還表明，當風速為0.3m/s時，使用垂直單向流比亂流減少97%的含菌量，使用水平單向流則減少90%。
有關模擬計算也有相似結果，得出如下圖所示的結果。可見在0.3m/s以下時，切口區菌濃急劇上升。不過也有一種看法認為氣流速度大時會把切口處由熱氣流帶出的菌粒壓回去，但并無實測例證。

2、在潔凈手術室中，對于手術床上的患者來說，即使在26℃室溫下，0.5m/s的送風速度也容易造成失水，而刀口處組織的失水對病人的影響是很不利的。由于這一原因以及手術人員舒適感等其它原因，手術臺上的風速希望不大于0.25m/s。
3、在潔凈病房或潔凈艙一類裝置中，顯然平時并不需要高于0.2m/s的風速，這不僅因為沒有什么干擾，而且病人也不希望高風速，不希望有吹風感。
下面是病人對6種風口位置的吹風不滿意率，見下表。

從上表可見，如果希望病人吹風不滿意率不大于5%，則面部風速宜不大于0.1m/s。通常舒適性空調要求人的面部風速應小于0.12m/s。
當送風口不在人面部正上方，0.8m高度風速和風口風速的關系如下表所列。

如果設兩檔風速能切換最好，當醫生給病人治療時，可以切換到高風速。這有助于平時降低噪聲和減少運行費用，以利這類裝置的推廣應用。
三、局部氣流問題
這里著重說一下生物潔凈室中幾個局部地區的氣流及其改善的問題。
1、在進行生物潔凈如植物栽培、微生物培養等的潔凈室中，往往有類似書架的一個個多層架，每層都擺滿進行實驗的皿、瓶、罐等容器，如果使用垂直單向流潔凈室，則氣流僅能在架外流過，而在架內形成渦流。因此，這種場合的潔凈室最好用水平單向流形式。
2、在垂直單向流潔凈室中，由于氣流從上向下流動，所以在工作臺下面可能出現渦流，污染氣流不易從該處排除。當流速較小時，桌子下部很快聚集了污染物而不易排除，但在正常使用速度下，這種污染能很快排除掉。問題在于，在潔凈手術室中，在手術臺旁圍滿了醫護人員，這將減弱流過臺旁的氣流速度；因而人活動產生的污染很易在臺下聚集，這種污染隨著人偶爾劇烈活動時帶動的氣流又散播到臺外，而危及手術中的患者。國外研究者也注意到了這個問題，提出了一個防止手術臺、器械臺下方出現紊亂氣流的建議，即對于垂直氣流，用清潔的臺布把臺子覆蓋住一直到達地面，減弱臺子下方氣流和清潔空氣的交流。而對于水平氣流則相反,不要把臺布覆到地面，以便氣流能從臺下穿過。也有計算得出了相反結果。但都沒有得到實測驗證。
3、手術中通常所使用的無影燈由于其體形大而妨礙氣流，又形成上升熱氣流，對凈度有很大影響。目前國外使用一種流線型無影燈,這是把一個大的無影燈，換成若干個小的無影燈，加上流線型的外形,所以對氣流的影響大大減小了。在流線型無影燈下方這種粒子很多，雖然都沒有測出菌落，但微粒多的則浮游細菌存在的機會將大大增加。為了削弱無影燈下方紊亂氣流的影響，也有人主張從燈體內向下送潔凈空氣，不過還沒有實際產品。