1、正壓狀態下，凈化空調系統為一次回風運行工況，密閉閥M1、M5關閉，M2、M3、M4打開，排風機 P2 不運行，排風機 P1運行，新風管上的風量調節閥 T2 為低檔風量狀態，回風總管上的風量調節閥 T3 為高檔風量狀態，排風總管上的風量調節閥T1 為關閉排風狀態。
2、負壓狀態下，對普通空氣傳染病患者進行手術時，凈化空調系統為一次回風運行工況，密閉閥 M5 關閉，M1、M2、M3、M4 打開，排風機 P1、P2 均運行，新風管上的風量調節閥T2 為中檔風量狀態，回風總管上的風量調節閥 T3 為低檔風量狀態，排風總管上的風量調節閥 T1 為低檔風量狀態。
3、負壓狀態下，對烈性空氣傳染病患者進行手術時，凈化空調系統設為全新風運行工況，密閉閥 M1、M2、M5 打開，M3、M4 關閉，排風機 P1、P2 均運行，同時排風總管上的風量調節閥T1 為高風量狀態，新風管上的風量調節閥 T2 為高檔風量狀態。
4、系統停止運行時，新風管上的密閉閥 M2 關閉。
三、負壓手術室回排風無害化處理
對于傳染病醫院使用的正負壓轉換手術室在負壓工況下運行時，室內往往含有B原生物，為防止室內污染源泄漏至室外周圍環境或隨回風進入空氣處理機組內滋生繁殖引起二次污染，應對回排風進行高效過濾處理，不能僅僅采用高空排放。排風系統的過濾裝置應合理，便于進行檢漏和更換，不應把高效過濾器安裝在排風機的正壓端，因為這樣既不能保護排風機，又不滿足污染的排風段管路應保持負壓的要求。
《傳染醫院建筑施工及驗收規范》GB 50686--2011對負壓隔離病房的排風高效過處理進行了規定，指出“排風高效過濾器的效率不宜低于 B類"，“排風高效過濾器的裝應具備現場檢漏的條件；否則，應采正壓氣流用經預先檢漏的專用排風高效過濾裝置，警接壓差計排風口應高出屋面不小于 2m，排風口外應安裝防護網和防雨罩"。正負壓轉換豐術室的排風過濾處理可參照執行。
發表于《暖通空調》雜志2006年第10期的論文“隔離病房應用循環風問題探討"，介紹了一種動態密封負壓高效無泄漏排 (回) 風裝置，已廣泛應用于傳染病醫院負壓隔離病房建設中。該高效過濾器和外殼之間形成正壓腔，將空氣從送風管引入正壓腔，只要腔內有 1Pa 的正壓，縫隙很大也不會造成室內空氣泄漏，但《潔凈室施工及驗收規范》GB 50591-2010 規定驗收時應達到10Pa 的正壓。
一般空氣傳染病患者用的負壓手術室可采用循環風，節能也是有必要考慮的，但應該在頂棚排風口入口處及室內回風入口處設置高效過濾器。但對于烈性傳染病患者進行手術，則需要轉換為全新風工況運行。另外要對這些過濾器進行撿漏和更換。