隔離式生物潔凈室和一般生物潔凈室的不同點是，以防止微生物污染的外逸為目的，因此，它對自身的潔凈度并無要求,送風不需要效率高的過濾器，但排風必須經一道甚至兩道高效過濾器才能排放，而且需要隔離。隔離式生物潔凈室也被叫做具有生物危險性的生物潔凈室或簡稱危險性生物潔凈室，如生物安全實驗室、負壓隔離病房。
一、生物危險度標準
隔離式生物潔凈室中的生物安全實驗室的等級由它所隔離的微生物的危險程度確定。國外一些研究機構已經有了自己獨立的危險度標準。
二、隔離方式
隔離的概念包括一次隔離和二次隔離。一次隔離是指工作人員和病原體的隔離，二次隔離是指實驗或工作區和外界的隔離。對于高的生物危險度級別，不僅需要采取一次隔離措施,還要采取二次隔離措施。目前國外采用的一次隔離方式主要是用生物安全柜或稱生物安全工作臺，它是阻止危險微生物外逸的一道屏障。 二次隔離則是將工作區變為負壓區，人出入要通過空氣閘最好是緩沖室，物品的拿進拿出要通過高壓滅菌器等裝置。下圖就是這樣的隔離方式，被稱為生物安全實驗室。必須注意的是，隔離式生物潔凈室對人員更衣的要求，出來時比進入時更嚴格，不僅要換工作服，而且要經過淋浴、干燥等處理，所有衣物必須先消毒再清洗。
   

三、生物安全柜
這是作為隔離式生物潔凈室的生物安全實驗室中進行第一次隔離的手段，類似于負壓潔凈工作臺，但要求更嚴。下表是國際上常有的三種規格。
   

下表是我國標準《生物安全柜》（JG 170-2005）對生物安全柜的分類分級

  

下圖是國產Ⅱ-A安全柜結構之一。 
    

這里要指出的是，按照一般規定，如果安全柜內有轉動機械，則當轉動機械使用時，由于增加了柜內污染外逸的可能性，所以在此期間內室內不允許進行其它操作。當安全柜內操作完畢后，不允許立即停止其運行，而是要繼續運行幾分鐘再進行停止。
四、生物安全實驗室分級
WHO制定的實驗室類型與危險類別
  

2004年我國國家標準《實驗室生物安全通用要求》（GB19489-2004）和《生物安全實驗室建筑技術規范》（GB50346-2004）將我國生物安全實驗室的分級和國際接軌，從低到高分為1～4級；GB50346的2011年修訂后又將生物安全實驗室分為三類。
以BSL-1、BSL-2、BSL-3、BSL-4表示相應級別的生物安全實驗室；以ABSL-1、ABSL-2、ABSL-3、ABSL-4表示相應級別的動物生物安全實驗室。
生物安全實驗室分級   
      

生物安全實驗室分類  
      

我國的三級、四級生物安全實驗室有潔凈度級別要求，送風末級過濾器要求高效過濾器。
五、負壓隔離病房
作為隔離式生物潔凈室的一個重要應用對象，負壓隔離病房自SARS以來，受到極大關注，給與它的設計理念是以高負壓、密封門、全新風為代表。被稱為“靜態隔離"的這種原理，既效果差，又耗能大，十分昂貴，不利推廣。
而現在提出負壓隔離病房的新原理是"動態隔離"，用低負壓（-5Pa）代替高負壓，用負壓潔凈室的緩沖室和普通非木門代替密封門，用雙送風口、循環風和動態氣流密封負壓高效排風裝置代替全新風。
按照5Pa壓力梯度規劃的負壓隔離病區壓力分布見下圖。
             

因病房及其衛生間都是污染區，而衛生間都設有排風，氣流必是由病房流向衛生間的。從動態氣流隔離的原理出發，不提病房對衛生間的壓差值，而只要求從病房向衛生間的定向氣流，即衛生間通過調排風，使其負壓程度稍高于病房即可，這可將衛生間門上做上百葉。
負壓隔離病房沒有潔凈度級別要求，送風有中效以上過濾器就可以了，但排風為了其一部分能自循環使用，一部門能無害排出，必須用高效過濾器。