移植病房和潔凈配套附屬用房的空調負荷和潔凈度要求相差較大，各房間用途和使用時間均不盡相同，而且整個建筑物空調容量較大，因此用一個系統來解決是不合理的。為使潔凈空調系統既能保持室內要求參數，而又經濟合理，就需要將系統分區。
潔凈空調系統分區應考慮的主要因素是：溫濕度參數、潔凈度的等級、壓力梯度、使用時間、空調設備的容量、和節能管理等。
移植病房和配套附屬潔凈用房的潔凈空調系統應分為兩個系統。 骨髓移植病房的潔凈空調系統應采用一對一的獨立空調系統；配套附屬潔凈用房的潔凈空調系統，如護士站、治療準備前室、潔凈區走廊、無菌物品存放、精密儀器室等應采用共用的一個系統。
移植病房空調系統的方式，主要有兩類：一類是新風處理型，由具有冷、熱處理功能的新風機組和循環處理機組組成的空調系統；二是新風過濾型，由僅作三級過濾功能的新風機組和空調處理機組組成的空調系統。
1、新風處理型
新風處理型是在新風機組中對新風進行熱濕處理，承擔系統全部新風負荷和部分室內濕負荷，再經過循環機組處理后，達到室內要求的溫濕狀態。其優點是循環機組只承擔部分室內冷負荷，處于干工況運行（沒有凝結水的出現）；夏季可以有效避免在循環機組中因冷熱抵消帶來的能源浪費，可減小循環機組內冷、熱盤管的容量，但其缺點是冬季新風機組內盤管在0℃以下低溫時容易凍壞，存在安全隱患，所以比較適合冬季溫度較高的南方地區。