潔凈手術室的正壓是通過送風量來控制的，在系統調試時一般可以達到設定值。但是系統在運行中，由于門的開啟、結構性泄漏、過濾器積塵或者室外風速的影響，往往會造成手術室內空氣的泄漏，引起正壓值的波動。這將破壞潔凈手術室的氣流組織，并且引起額外的能耗。特別是當出現門縫泄漏及樓板管線開孔泄漏等結構性泄漏情況時，手術室內的正壓將無法建立，結構性泄漏成為能源浪費的主要原因。當正壓為10Pa時一扇門門縫的泄漏量估算為176 m³/h，若手術室門沒有關，則泄漏量更為巨大。泄漏的風量最終將轉化為空調系統的負荷。
常見的正壓控制方式有以下幾種：
1、安裝余壓閥。余壓閥安裝簡單，靈敏度高。但存在著許多缺點：長期使用后關閉不嚴；全閉時室內正壓仍然可能低于預定值，無法控制；對于嚴格控制微生物污染的手術室而言，無形中又增加了一條污染通道。
2、通過差壓變送器檢測室內壓力，然后調節新風、回風或排風量，控制較為復雜。常常會引起系統的不穩定性，在實際運行中控制效果不佳。
3、在手術室吊頂上單獨設置一個排風系統，通過室內和走道間的壓差信號控制排風機的啟停。當壓差超過設定值時，排風機開，否則停。雖然這種做法控制靈敏，但也存在著明顯的缺陷。即在手術過程中有人員進出時，由于“開門效應"，房間和走道間的壓差在瞬間會降為零，此時排風機應當關，但由于葉輪的慣性作用，排風機不會停轉，還具有一定的抽力，有可能造成房間負壓。此外，排風機頻繁啟停，消耗電量增大，并且易出現故障。