1、按空氣處理設備的設置情況分類
（1）集中系統
集中系統是指所有空氣處理設備(風機、加熱器、表冷器、過濾器等)集中設置在空調機房內的系統。處理過的空氣通過送風、回風管道輸配到各空調房間，并形成循環。它適合用于面積較大、潔凈度較高、位置集中及消聲、振動控制要求嚴格的潔凈室，是目前多數制藥廠采用的空調系統。（2）半集中系統
半集中系統是指除設有集中機房外，將冷熱交換裝置等二次設備分散在各被調房間內。這樣再根據各房間的需要，對集中處理設備供應的空氣，作進一步處理。如辦公樓、賓館等常用的風機盤管系統即屬于該系統。
（3）全分散系統
在空調房間或相鄰走廊等近處，采用落地柜機、懸掛箱機以及壁掛、窗式空調機組，靈活而分散的直接設置，供給房間所需冷、熱量及局部潔凈環境。這種全分散式凈化空調系統適應于空調環境或低級別凈化環境，如凈化單元、層流罩、空氣自凈器、潔凈工作臺等。
2、按負擔室內負荷所用的介質種類分類
（1）全空氣系統
全空氣系統是由經過處理的空氣全部承擔室內負荷(熱、濕等)的空調系統。由于空氣的比熱較小，需要用較多的空氣才能消除室內余熱、余濕，或補給房間所需要的熱量和濕度。因此這種系統通常風道斷面尺寸較大，在候車或候機大廳、商場、體育館、劇場等民用建筑和某些要求空調的車間均采用這種形式。由于制藥廠的主要車間同時要求空調和凈化，而潔凈空氣可用來稀釋、替換工藝過程對生產環境的污染，保證藥品生產過程的潔凈度。因此，全空氣系統是制藥廠的主要空調方式。
（2）全水系統
全水系統是指用以水為介質的熱交換排管等裝置承擔空調房間的熱、濕負荷的系統。這種方式因為用水做介質，熱交換量大，但不能解決房間的通風換氣問題，無法維持潔凈室的正壓，無法防止室外或相對污染的鄰室的污染空氣進入，從而無法保持室內潔凈度。故此種方式在制藥廠不宜采用。但一些位于冬季采暖的北方地區的制藥廠，可以在潔凈室與室外相鄰的緩沖走廊或外側設置散熱器，以分擔潔凈空調系統的供熱負荷和兼起值班采暖作用。
（3）空氣--水系統
空氣水系統是目前公用建筑空調系統廣泛的采用形式，它不*依靠空氣來負擔熱、濕負荷，從而可以減小風道、少占建筑空間，又沒有全水系統不能夠滿足衛生、正壓等要求的弊端。帶新風的風機盤管系統、誘導器系統都屬這種空調方式。在室外，對C級及更大級別的潔凈室是允許設置冷、熱交換的室內循環機的，但其不適宜生產過程中產塵量較大的車間。因為，哪怕在風機盤管這類設備前設置一般過濾器，換熱表面長期運行后也會沉積污物。國內在潔凈室中很少采用空氣水系統，這是因為國內所生產的風機盤管受風壓所限，只可配置簡易濾網，過濾能力不強，達不到潔凈度要求。