一、MRI手術室的選址
1.是要考慮周圍環境對磁共振設備的影響，首先是關注周圍道路上移動車輛對MR設備的影響，其次是附近樓內電梯、建筑設備的影響，宜距離機房10M以外。
2.因為磁共振設備價值較高，考慮磁共振設備僅要用于手術中，還是沒有手術時，可否能應用于常規檢查；因此手術室的位置的選擇原則是不同的，前者采用磁共振手術室設置在手術部內部；后者宜設置在手術部邊緣部分，使得常規檢查的住院患者不進入手術部內部即可直達磁共振室檢查。
3.磁共振設備重量6-8噸，設備的安裝運輸通道也是提前考慮場地選址的條件之一，宜選擇低層并靠近樓外通道，并且應預留磁體進入手術室區域垂直和水平通道的空間和預留口。
二、施工圖設計階段
1.平面設計
目前醫院常用的平面布局有2種，一種是兩室布局，是磁共振手術室—診斷室；一種是三室布局，是磁共振手術室—診斷室—磁共振手術室。醫院宜根據自己手術的具體需要、未來的發展空間、建筑物的整體布局及投資費用等方面綜合考慮，選擇適合本身的平面布局。MRI手術室的面積應該要大于普通MR機房的面積，一般要求在40㎡以上，柱子軸距宜選擇8500mm以上。綜合考慮MRI和手術室要求，層高宜為4.5m左右,不宜低于4.2m。
2.結構設計
應考慮磁共振設備是固定式還是移動式的，考慮樓板梁對荷載的要求。當選擇懸掛磁體時，還需對滑動軌道固定鋼梁進行設計，鋼梁同時需滿足強度、撓度及磁體設備的功能要求；選擇固定磁體時，應進行降板降梁設計，滿足磁體下地面鋼筋含量不超過設備廠家規定的要求。
3.電氣設計
按照磁體設備要求，宜采用從配電室直接鋪設電纜供應，保證獨立供電，且應選擇優質的多股銅芯電纜，而其他設備（包括空調機組、照明等）可由大樓配電箱供電；主機宜采用兩路供電，冷水機組應采用兩路供電。裝修材料中的龍骨、裝飾面板均應采用非磁材料，室內照明燈具需綜合考慮一般手術、內窺鏡手術及磁體掃描對室內照明的不同需求；可分別設置普通交流燈具、可調光交流白熾燈、直流燈、手術燈多種照明形式來滿足不同使用情況的要求。并且應對磁體移動和使用、交流燈與直流燈三者進行聯動設計，當磁體移動到手術室內時，交流燈具全部關閉，所有直流燈具同步打開，滿足了手術室內照明和磁體掃描的環境要求。
4.MRI手術室電磁屏蔽處理
MRI手術室的六面屏蔽殼體所采用的屏蔽板（包括壁板、頂板、底板）必須由具有良好導電導磁性能的金屬網或金屬復合材料構成，包括MR手術室的自動移動門和診斷室窗戶，同樣需按MRI特殊要求進行電磁屏蔽處理，為此MRI手術室采用射頻屏蔽門及屏蔽窗，所有進入手術室的凈化管道、電氣管線、控制線、信號線、各種醫療氣體管道都必須采用非磁性材料處理，且電線電纜需要經過電源濾波器后方能接入手術室區域。空調凈化送風口、回風口須裝通風波導。MRI手術室屏蔽殼體應采用單點接地，其接地電阻≦2Ω，須小于避雷接地的接地電阻。屏蔽殼體未與地連接時，其與地線間的絕緣電阻應不小于10kΩ。
5.根據選擇的廠家的不同、應考慮連接磁體失超管的路徑,失超管出口宜高出地面3.8m以上，部分廠家可能還需排氣管道及失超閥。
磁共振介入手術室目前還處在不斷探索、完善、推廣的階段。電磁屏蔽手術室包括MRI手術室、MRI成像設備、手術室配套設備、MR手術室電磁屏蔽處理等，是多學科相互交融的邊緣學科，一臺術中核磁共振手術是由手術醫生、放射科醫生、工程技師、麻醉及護士共同配合完成的，放射科醫生要參與所有手術病歷的術前計劃和術中影像學PACS的處理，為外科醫生提供較佳的手術入路及術中影像的動態變化，使得成員之間的交流顯得尤為重要。