為確保生產環境對生產工藝的污染處于控制之中，就需要對環境設定限制。對空氣環境而言，通過測定空氣懸浮顆粒物或微生物的生成單位來作出判斷。而且ISO 14644和其它相關標準對于采樣方法和限制都有具體的規定。控制的方法主要是凈化通風，但對于人員與產品因直接接觸而造成的危害，其控制措施主要是戴手套、指套，以及要求生產人員采用盡可能避免直接接觸的正確操作方法。而監測工作包括檢查所用手套的破損情況、測量手套表面的粒子或微生物等。
潔凈室內的污染源、傳播途徑、控制與監測方法見下表：

監測采樣必須采用正確、可靠的方法。為保證監測采樣的結果可靠，以下問題必須引起重視。
1、采樣儀器的采樣效率
例如根據潔凈室監測的微粒粒徑，盡可能選用合適的離散粒子計數器，避免使用其粒徑閾值作為監測粒徑，一般來說離散粒子計數器的粒徑閾值檔的效率往往偏低。
2、儀器校準
仍以離散粒子計數器為例，其激光光源的光強、其它如光電轉換電子器件的效能，都會隨時間有所變化，定期校準與標定是保證其測值可信的重要條件。
3、制定報警值和行動值
有些監測系統是連續工作的，如高潔凈度潔凈室設有持續的顆粒物計數監控裝置，而另一些相對不十分重要的污染源，如頂棚等，可能只有定期的清潔制度，并不對其進行監測。對潔凈室內的各種危害及相應的控制方法都要確定監測的制度，其中就包括監測的頻率。危害程度越高，采樣應越頻繁。
當監測結果表明污染危害未受到控制時，必須事前先確定應采取怎樣的糾正措施，設定報警條件和行動條件就是一種常用的方法。報警值設定為某個高于預期值的污染濃度，但該值仍在控制范圍內。一般超過報警值并不采取行動，因為這僅是對將來出現問題的一個警示。如果在相對較短的時間內多次出現報警，則可能預示著需要采取行動。
而行動值應設置為一旦超過就必須進行檢查、分析，確認這種狀況是否可以接受。如果不能，要采取什么措施才可以控制局面。