1、一般工業潔凈室的清掃
潔凈室內環境清掃部位包括整個房間的墻面、吊頂、地面及所有物品。
對潔凈室內應進行定期清掃。潔凈室清掃的時間應在每天下班前工藝操作結束后進行；清掃時，潔凈室潔凈空調系統仍保持運行狀態。當采用集中式真空吸塵系統完成潔凈室的清掃工作時，要限制真空系統的排氣量，以免使潔凈室的正壓值下降太大或形成負壓。清掃用的拖布、抹布，不要用易掉纖維的織物材料，一般可用絲綢、尼龍綢等。
對于生物潔凈室，吸塵器中的集塵袋和過濾器，在取出之前要用氣體滅菌，取出后裝入聚乙烯袋中封好，然后燒掉。
對于潔凈度高的潔凈室，清掃用水不得用自來水，而須采用過濾后的水；潔凈室清掃用洗滌劑可按每升水加人30g中性液體洗滌劑配制而成，應選擇殘留物量低的中性洗滌劑。
各個潔凈室應使用本室的清掃工具，清掃工具要定時清潔。清掃地板時，可用軟管或濕式電氣清掃機，如果有比較嚴重的污漬可使用清潔劑。
2、醫院潔凈室和手術室的清掃
醫院潔凈室的清掃工作應在每天下班前完成，手術室的清掃工作應在手術前后進行，以手術后的清掃為主。手術完成后，在潔凈空調系統運行的狀態下，打開排濁風機約15min，排除室內污濁空氣，然后進行清理及清潔工作。每次清掃結束后還應繼續運行潔凈空調系統，直至達到規定的潔凈等級，運行時間一般不應少于該系統的自凈時間。每次手術后的雜物立即就地分類打包，清掃垃圾均應裝入污染袋中就地密封，然后經污物傳遞窗或污物門運出潔凈室。如果發生不可預見的非常情況，在潔凈手術室內做了帶污染的手術，手術后進行室內環境清掃時必須用苯酚（石碳酸）或甲醛水噴霧做全室消毒。