空氣中懸浮微生物的測定有多種，但其測定的基本過程都是經過捕集-培養-計數的過程。目前普遍采用的是浮游菌和沉降菌的測試方法。浮游菌測試方法是通過收集懸浮在空氣中的生物粒子于專門的培養基平皿，經若干時間在適宜的生長條件下讓其繁殖到可見的菌落進行計數，以此來判定潔凈環境內單位體積空氣中的活微生物數。沉降菌測試方法是通過自然沉降原理收集在空氣中的生物粒子于培養基平皿，經若干時間，在適宜的條件下讓其繁殖到可見的菌落進行計數，以平板培養皿中的菌落數來判定潔凈環境內的活微生物數。
1、檢測要求
（1）檢測前，被測潔凈室的運行狀態必須在正常狀態，其溫度、濕度、風量、風壓及風速必須在控制的規定值內；被測試的潔凈室(區)應已進行過消毒；同時，潔凈室的測試狀態必須符合生產工藝的要求，并在測試報告中注明其測試狀態。
（2）測試人員必須穿戴潔凈服，而且一般不得超過兩個人。
（3）凈化空調系統正常運轉時間，對單向流如5級（100級）潔凈室或層流工作臺不得少于10min；對非單向流如7級（10000級）、 8級（100000級）的潔凈室不得少于30min。
（4）采樣點的布置及要求：
a.浮游菌測試時，采樣點位置可以與懸浮粒子測試點相同。工作區測點位置距地面0.8～1.5m（略高于工作面）；送風口測點位置距送風面30cm左右。根據需要可在關鍵設備或關鍵工作活動范圍處增加測點。采樣點的布置應力求均勻，避免局部區域過于集中或稀疏。
b.沉降菌測試時，采樣點的位置可以與懸浮粒子測試點相同。工作區采樣點的位置距地面0.8～1.5m（略高于工作面）；根據需要可在關鍵設備或關鍵工作活動范圍處增加測點，采樣點的布置應力求均勻。
2、檢測方法
（1）浮游菌的檢測方法
1）首先應對測試儀器、培養皿表面進行嚴格消毒。采樣器進入被測房間前先用消毒房間的消毒劑滅菌，用于100級潔凈室的采樣器宜一直放在被測房間內；用消毒劑擦凈培養皿的外表面，把采樣器的頂蓋、轉盤以及罩子內外消毒干凈；采樣口及采樣管在使用前必須高溫滅菌。
2）采樣者應穿戴與被測潔凈室相應的潔凈服，在轉盤上放入或調換培養皿前，雙手要用消毒劑消毒。
3）開動真空泵抽氣，使儀器中的殘余消毒劑蒸發， 時間不少于5min，并調好流量、轉盤轉速。
4）關閉真空泵，放入培養皿，蓋好蓋子后調節采樣器。
5）置采樣口于采樣點后，依次開啟采樣器、真空泵，轉動定時器，根據采樣量選定采樣時間。
6）全部采樣結束后，將培養皿倒置于30～35℃恒溫培養箱中培養，時間不少于45h。
7）用肉眼直接計數，然后用5～10倍放大鏡檢查，是否有遺漏。若平板上有兩個或兩個以上的菌落重疊，分辨時仍以兩個或兩個以上菌落計數。
（2）沉降菌檢測方法
1）首先也是對測試儀器、培養皿表面進行嚴格消毒滅菌，在37℃恒溫培養箱中培養48h觀察，確信無菌后方可使用。
2）一般用Ø90mm的沉降平皿，注人20mL培養基，放在測點處，開蓋暴露30min，將培養皿蓋蓋上后倒置。然后在30～35℃恒溫培養箱中經48h培養為肉眼計菌落數，并記錄生成的菌落數CFU，然后用5～10 倍放大鏡檢查，是否有遺漏。若培養皿上有兩個或兩個以上的菌落重疊，分辨時仍以兩個或兩個以上菌落計數。
3、檢測儀器
（1）浮游菌測試儀器
1）儀器設備主要有采樣器、真空抽氣泵、培養皿、恒溫培養箱等。
2）微生物采樣器有多種形式，主要有固體撞擊式采樣器、離心式空氣微生物采樣器、氣旋式微生物氣溶膠采樣器、液體沖擊式微生物氣溶膠采樣器、過濾式微生物氣溶膠采樣器、大容量靜電沉降采樣器等。采樣器的選擇應考慮采樣器的靈敏度、采樣效率，以及有利于微生物的存活、易于分析粒子大小、 易于操作和使用方便等因素。浮游菌采樣器一般采用狹縫式采樣器和離心式采樣器。
3）狹縫式采樣器(撞擊式采樣器)。各類狹縫式采樣器工作原理都相同。將采集的微生物氣溶膠噴射到緩慢旋轉的撞擊板或固體培養基表面上，具有足夠大運量的粒子撞擊到收集板上，而較小粒子由于慣性小在氣流夾攜下流出。每種型號的撞擊式采樣器都有其自身的收集效率。例如國產的THK-201型采樣器，屬于固體慣性撞擊式，打開電源后用真空抽氣，懸浮于空氣中的帶菌粒子被吸入采樣頭的篩孔篩，該采樣器的特點是采樣頭篩孔隙是可調的，當空隙調小時，可用于采集較小粒子；若要采集大粒子時，可將空隙調大，從而增大了采樣器的應用范圍。
4）離心式采樣器基于離心撞擊原理，當采樣器通電后，借助于蝸殼內的葉輪高速旋轉，能把至少40cm距離以內被測的帶菌空氣吸入，在離心力的作用下，空氣中的活微生物粒子加速撞擊到的培養基條上，采樣后的培養基條從蝸殼中取出，經過恒溫、定時培養，形成菌落，然后進行菌落計數。國內研制生產的JWC-1型采樣器便是一種性能較好的離心式空氣微生物采樣器，采樣量為40L/min。
（2）沉降菌測試所用的儀器設備
主要有高壓消毒鍋、恒溫培養箱、培養皿。培養皿一般采用Ø90mm*15mm的硼硅酸玻璃培養皿，培養基采用普通肉瓊脂培養基或《中華人民共和國藥典》認可的其他培養基。
4、合格標準
國內外有關浮游菌測定的標準：
 
國內外有關沉降菌測定的標準：