生物潔凈室和工業潔凈室的不同之處在于：生物潔凈室不僅依靠空氣過濾的方法，使送入室內空氣中的生物或非生物的微粒數量受到嚴格控制，同時還要對室內器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理。為此，生物潔凈室除了滿足一般潔凈室要求外，其內部材料還要能經受得起各種滅菌劑的侵蝕。通過過濾器過濾的空氣可視為無菌空氣，但過濾僅是一種除菌手段，并沒有殺菌作用。由于室內有人員、物料等污染源存在，潔凈室內只要有微生物所需要的營養源存在，在適宜的溫濕度條件下，就會使微生物大量生存、繁殖。因此，生物潔凈室的運行管理絕不可忽視消毒滅菌措施。
1、無菌制劑操作室的清掃滅菌
無菌室室內設備、器具、傳遞窗及更衣室的清洗采用水洗，應定期對壁板及各表面進行消毒，對所使用的消毒液應定期更換，以防細菌產生抗藥性而影響滅菌效果。也可采用紫外線燈或臭氧進行消毒，對典型部位應增加滅菌次數。
2、非無菌制劑操作室的清掃滅菌  
非無菌制劑潔凈室的清掃，分為日常清掃和生產完畢的清場清掃。對墻面、頂棚及設備外表面均可采用不掉纖維的抹布擦拭，地面可采用半干拖布擦拭。可用紫外線燈或臭氧進行滅菌，應定期用酒精擦拭頂棚和墻壁。
3、潔凈手術部的清掃滅菌
醫院潔凈手術室雖然密閉性很好，裝飾材料及醫療設備不產塵，但出于節能的考慮，許多醫院在手術室停用的時候凈化空調系統也停止運行。這樣會造成手術室停用時被室外空氣污染，也會將室外空氣中的菌塵粒子帶進手術室內。所以潔凈手術室的清掃滅菌工作很重要。如果有值班機組，潔凈手術室處于微正壓狀態，可大限度的避免這種污染。但手術過程中會產生大量污染，術后的清掃滅菌也是*的。應按下列程序及方法進行清掃滅菌。
1）潔凈手術室內要適時的進行清潔滅菌，一般每日早晨用質量分數0.5%的含氯消毒液擦拭物品表面及地面。潔凈手術部必須采用濕式方法清潔、打掃。清潔工作須在凈化空調系統運行中運行。手術室無影燈、手術床、器械車、壁柜表面及地面應在每天手術前、后用清水、消毒液各擦拭一次。每周*清潔一次。手術無影燈上的玻璃蓋片應每月擦洗一次。
2）潔凈手術室術前、術后均需清掃，以術后清掃為主。手術完成后，在凈化空調機組正常運行的狀態下，繼續排風約15min，排出室內污濁空氣，然后進行清理及清潔工作。
3）準備的潔凈室清掃材料和工具，清潔打掃應從別的區域向低級別的區域依序進行。所有設備、桌子、工具和器械柜等外表面，均采用濕的潔凈室抹布擦干凈。帶玻璃的壁板和門表面，用液體清洗劑清洗，然后用抹布擦掉余下的水。清潔工具應采用不掉纖維的織物材料制作。墻和頂棚用中性清洗劑溶液擦洗、沖洗，后用海綿吸掉余水。
4）潔凈室每個班次交班后應清潔粘墊，一次性粘墊應每日更換。
5）為防止交叉污染，各個潔凈室應使用其清掃工具。清掃工具也要每日清潔消毒并于專室存放。
6）在兩臺手術之間，除*清掃上一臺手術過程的去全部污物外，還應對手術床及周圍的各種設備、裝置采取消毒液擦拭或噴灑等措施。
7）每次手術后污物應立即就地分類打包，，各種污物均必須放入防水防穿破污物袋內，密封后經通道運出手術室，經污物走廊運至污物間做專門處理。手術室清掃滅菌工作結束后，待所有人員離開，再關閉循環凈化機組。
8）清掃結束后應繼續運行凈化空調系統，直至達到規定的潔凈度，方可進行下一臺手術。
9）如果做了有污染的手術，要用消毒劑擦拭物品和地面，還必須用甲醛液做全室消毒。
4、醫院潔凈室的消毒滅菌
潔凈室的送風是通過（亞）過濾器過濾后進入室內的，可以視為無菌空氣，但這一過程沒有殺菌作用。只要室內有人員活動，就會產塵及產菌。人的皮膚由于新陳代謝會不斷脫落皮屑，成為微生物生存及繁殖的營養源。在適宜的溫濕度條件下，會使微生物迅速繁殖。潔凈室有效除菌方法是采用凈化空調系統，但凈化空調系統不能提供潔凈室的起始無菌狀態，用消毒滅菌的方法可彌補這一缺陷。因此，每間潔凈室都應有完善的消毒滅菌制度，將凈化空調技術與消毒滅菌技術結合起來，以保證室內的潔凈無菌環境。
醫院潔凈室的消毒滅菌方法，主要有紫外線照射、臭氧及化學消毒劑消毒滅菌等方法。潔凈室應根據使用特點來確定消毒滅菌方法及周期。有的潔凈室。需每日消毒，有的每周消毒一次即可。如手術室的無影燈位于手術臺上方，對手術的影響較大，應每個手術日消毒一次。
（1）紫外線滅菌燈照射
屬電磁輻射消毒法，其機理是：紫外線照射后，導致蛋白質上殘基、氫鍵和酶的結構破壞，從而使酶失活，微生物死亡；可使蛋白質變性，影響微生物的生長、代謝；核酸吸收紫外線后改變其生物學活性，導致細菌的死亡；可改變DNA的結構，使細胞無法復制，而使微生物死亡。可見，紫外線屬廣譜殺菌類，能殺死一切微生物。紫外線照射消毒法被廣泛應用于醫院許多需要消毒的場合。紫外線殺菌的波長在200～290mm，而在250～270mm范圍內的殺菌能力較好。
影響紫外線殺菌的主要因素有：
1）燈管使用的時間：一般使用時間為1000h。應定期用儀器測試燈管的輸出強度。新燈管的紫外線照射強度應大于90µW/cm²，當燈管的紫外線照射強度低于70µW/cm²時，應予以更換。
2）環境溫度：適宜的溫度為20℃.
3）環境濕度：一般相對濕度在40%～60%，紫外線殺菌效果較好，而相對濕度在60%～70%時，紫外線殺菌效果降低，濕度高于80%的環境對紫外線燈的出力影響大，甚至對細菌有激活作用。
4）照射距離：照射距離與滅菌效果成反比關系。在距燈管中心近距離范圍內，照射強度與距離成反比。
另外，使用紫外線燈管照射時，對需消毒的暴露對象應長時間照射，盡量近距離照射。由于紫外線照射對人體有傷害，所以只能在無人狀態下使用。同時，紫外線只能對靜止的物體有滅菌作用，對流動的空氣就毫無意義了。在組合式空調機組停運時，紫外線照射也可作為機組消毒的一種手段。根據紫外線殺菌的原理制成的產品有紫外線空氣消毒器、紫外線表面消毒器和紫外線消毒箱等，以其紫外線強度的強弱及與臭氧的結合滿足不同的消毒要求。
（2）臭氧殺菌
臭氧在常溫下是強氧化氣體，也是一種廣譜殺菌劑。可用以殺滅細菌和病毒，也被廣泛用于潔凈室的殺菌。由于臭氧是極不穩定的氣體，在常溫下會自行分解成氧氣，故不能儲存，一般都是通過臭氧發生器現場制備。臭氧對人體及室內某些物體也有損害。所以，用高濃度臭氧殺菌，只能在房間無人狀態下進行，殺菌結束30min以后才允許人員進入。
（3）化學消毒劑
利用噴霧及熏蒸化學消毒劑的方法殺滅空氣中的微生物也是潔凈室常用的消毒手段。一般需要關閉門窗1～2h噴霧和熏蒸。還有一些化學消毒劑是可以用來浸泡或擦拭的。但無論用什么方法，化學消毒劑對人體及物體都有不同程度的損害。使用時應當經專人人員培訓。在配置過程中，應對呼吸系統采取保護措施。每個潔凈室使用的化學消毒劑應當定期更換，防止室內的微生物產生抗藥性。
5、潔凈室的自凈時間
自凈時間是指潔凈室在開啟凈化空調系統后，使室內空氣由停機時的污染狀態達到潔凈室要求的潔凈度所需要的時間。按照潔凈室的使用特點，潔凈室的自凈時間在設計時已確定。凈化空調設備管理人員應在這個時間以前開啟機組。每個潔凈室投運前，都應按照設計要求的自凈時間來制訂凈化空調機組提前開啟的時間。同一手術室在兩臺手術之間也應有一個自凈過程，以消除前一臺手術過程中存留在手術室內的菌塵粒子污染，避免交叉感染。在潔凈室自凈時間內，手術室內應保持靜態運行狀態，不應有人在室內逗留。與此同時，也應按照需要設定好室內溫度、濕度等參數，為手術提供適宜的環境條件。
6、潔凈室壓差控制
潔凈室的壓差可維持整個潔凈區空氣的壓力梯度，保證空氣從高潔凈度區域流向低潔凈度區域，或按的方向流動，是控制污染的有效手段。在制藥企業及負壓病房等潔凈室，該壓差也是控制交叉污染的有效措施。在潔凈手術部，這種有序的空氣流動可確保各潔凈室的潔凈度及細菌數滿足要求。壓差控制是靠自動控制系統對室內送風量、回風量和排風量的調節來完成的。當潔凈室的送風量大于排風量和回風量之和時，室內呈正壓，潔凈室內空氣會經門縫等處向鄰室或走廊滲透。這樣，就可以抵御低壓區空氣中微粒的滲入，這是正常的運行工況。如果該壓差由于某種原因降低，自動控制系統會及時進行調節，以保證規定的壓差。若此時不做調整，潔凈室抵御微粒侵入的能力也隨之降低，甚至消失。若該壓差出現負值時，則會造成微粒的滲入，這種情況是絕不允許的。若潔凈室未設置自動控制系統，運行管理人員應當隨時觀察相關潔凈室的壓差表，發現問題盡快調整，使其恢復到正常的壓差。