如果一些生產工藝單一，潔凈室分散、不能或不宜合為一個系統；或者各個潔凈室間無法布置輸送系統和機房等場合，如果再采用集中式凈化空調系統就不適合了。這時應采用分散式凈化空調系統，也就是說，把機房、輸送系統和潔凈室結臺在一起，自成系統。在各個潔凈室或鄰室內就地安裝凈化和空調設備或凈化空調）。所謂空調設備就是一個將冷熱源、空氣處理設備、風機和自動控制設備等組裝在一起的定型產品。凈化空調設備是具有凈化功能的空調設備，除了增加幾道過濾設備，其他設備也要作相應變化。一般來說，凈化空調系統的處理風量畢竟有限。往往不要滿足較高潔凈度的潔凈室所需風量。系統處理過程也往往是一次回風系統。由于凈化空調設備內風機要求克服熱交換盤管、通道及幾級過濾器的阻力，所需壓頭很高。為了安裝于設備內，體積不可能很大；如采用較高轉數來達到所需壓力，噪聲震動又較大。
鑒于國內設備狀況，這類機組發展較慢。*，潔凈室內除了一些必要設備外，盡可能把設備設置在室外，加上人員人數嚴格控制等，潔凈室的熱濕負荷通常比普通空調室小，但所需風量卻比一般空調室大，這就從另一個角度限制了凈化空調設備的使用范圍。為了解決這一題，正分散式凈化空調系統中，可以將風機一過濾器單元等局部凈化設備放在潔凈室內，或設置于鄰室、套間、頂棚內等處而與潔凈室相聯。或利用鄰室、套間、頂棚等作靜壓箱，并在內設置普通空調機組，以作混風和空調處理用。它的處理過程可看作二次回風。
空調機組實際上是一個小型空調系統，它的冷源通常采用壓縮式制冷機組，熱源在容量不大和要求靈活性大時可采用電熱。空氣處理設備主要是制冷機的蒸發器，電加濕器及電加熱器。當潔凈室溫度、濕度全年的控制精度要求較高，可采用恒溫恒濕機組。它能自動調節空氣溫溫度，以維持室內一定溫度，濕度。當潔凈室僅要求夏季舒適性空調，即僅在夏季降溫去濕，可采用冷風機組。它與恒溫恒溫機組主要區別在于沒有自動控制（采用手動控制），電加濕器和電加熱器。如果是容量小的空調機組（冷量小于7kW，風量小于1200m 3／h）可做成窗臺式。容量大的（冷量小于70kW，風量小干20000m3／h）為立柜式。
上述這種將空調和凈化兩種功能分開處理的作法，不僅解決潔凈室熱濕負荷小、處理風量大的難題，而且使系統更為靈活。由于利用套間或頂棚作靜壓箱，使空氣環路斷面大-輸送路線短，對空調機組和凈化設備的風機壓頭要求不高，因此相應噪聲與能耗也不高。凈化設備也可適應潔凈室需要，采用多種形式，與空調機組幾乎沒有關聯，這種形式在我國應用很廣泛。但是這種系統的新鳳往往只是靠套間或頂棚等產生負壓而滲透進來，不能有效控制，無法滿足室內衛生要求。潔凈空間內可通過送風量差值控制來建立正壓，但在套間中的負壓并不一定使室外新風通過新風過濾器進入套間，往往透過其他途經（從走廊及窗等）滲入，套間內濃度很不穩定。這樣不僅會影響過濾器使用期，而且也可能涉及到潔凈空間內的潔凈度，這是一個易被人忽視的問題。
新風凈化機組在過渡季節內可相應增加新風量，以節約空調能耗。這樣把整個系統的空調、凈化和新風補給的三個功能，分別由各自獨立的三種類型機組負擔。空調機組僅負但冷熱負荷，供冬夏兩季使用，而不具有過濾性能；新風機組雖有過濾性能，主要是保證新風補給和根據不同季節變化新風量，而室內潔凈區的建立*靠凈化設備完成。這樣空調器無須克服過濾器阻力，新風不必經過冷熱盤管，凈化設備也省去經空調器循環的動力，能耗較低。運行證明效果是很理想的。但是由于新風未經空凋機組處理，室外參數易波及室內，特別是相對濕度控制，因此不適宜空調精度高的潔凈室。如新風直接送入室內，則應充分注意對氣流組織的影響及噪聲振動處理。
綜上所述，全分散式凈化空調系統的大特點就是靈活、簡易。它可滿足不同房間的不同送風要求。當室內熱濕負荷變化時，調節系統反應快，也不影響其他各室進風參數，潔凈空間小而單一，管理比較方便，潔凈度也易保證。加上沒有輸送管系及機房，節約了輸送能耗及沿途冷熱損失和污染，減少了輔助占地面積。另外空調機組體積小，現場安裝工作量少，操作使用也方便，不需要專門熟練操作工人。國內常采用凈化單元組成平行流潔凈室，采用自凈器構成亂流潔凈室。在結構上往往采用裝配式的。因此與原土建結構關系少，建設周期短，上馬快，很適用于改建工程。但是一般來說機組設備投資較高，維修量也大。與集中式凈化空調系統相比，它的噪聲和振動很難處理得很理想。