在我國，絕大多數潔凈空調系統都不是24h連續運行的。對于間歇運行的潔凈空調系統來說，在其停止運行后，由于受室外氣象條件的影響，室內空氣溫度要發生變化，同時房間圍護結構也會蓄存一定的熱量或玲量。要使空調房間在使用時就具備要求的室溫，則在此之前必須使潔凈空調系統先運行起來，提前供冷或供暖，以消除圍護結構儲存的熱量或冷量，把室溫降低或升高到使用要求值。由于空調房間圍護結構的熱工性能、室外氣象條件、房間使用功能等情況不同，其預冷或預熱的時間長短足有差異的，即使是同一房間、同一系統也會因室外氣象條件的變化而影響到預冷或預熱時間的長短。因此，要結合實際，分析總結出不同情況下合理的預冷或預熱時間，進而得到不同情況下潔凈空調系統合理的開機時間。
預冷或預熱時間過長，則在潔凈室開始使用時容易出現過冷或過熱現象，這樣既多耗費了能量，又使人感到不舒適；反之，預冷或預熱時間不夠，則在潔凈室開始使用時不能滿足室溫要求，即造成運行事故，由此帶來的影響可能無足輕重，也可能無法估量。由此可見，確定合理的開機時間意義重大。
潔凈室停止使用時，就相應停止潔凈空調系統的運行，從滿足空調使用的角度來說是沒有問題的，但從節能的角度來看停機的時間就晚了點。因為潔凈室使用時間是夠長時，其圍護結構的蓄冷（熱）能力就可以顯露出來，能在停機后發揮出一定作用，使室溫不至于上升或下降得太快。當然，這種蓄存的冷熱量所起作用的維持時間與圍護結構的熱工性能、室外氣象條件以及室內負荷大小有直接關系。對于沒有外窗或外窗面積很小、圍護結構為鋼筋混凝士或磚砌體重型結構的房間，在室外氣象條件不太惡劣（如無太陽強輻射、無大風）．而且室內負荷小于設計負荷的情況下，就可以提前一些時間停機，反之則提前量小一點。
對于風機盤管系統米說，可以先停止冷熱源（冷水機組或鍋爐）的運行，而讓水系統和風機盤管繼續工作，充分利用循環流動的水的溫升（降）所具有的顯熱能來配合空調房間圍護結構釋放出的蓄存冷熱量，一起維持空調房間在停止使用前一段時間內的室溫要求。冷熱源能提前多少時間停機同樣也要結合室內外的空氣參數以及建筑圍護結構等情況，通過分析、試驗得出。總之，為了達到經濟節能的目的，要想方設法縮短潔凈空調系統的運行時間或冷熱源的使用時間。