醫療污水主要是從醫院的診療室、化驗室、病房、洗衣房、X片照相室和手術室等排放的污水，其污水來源及成分十分復雜。醫療廢水曾經多次引起公眾關注，醫療廢水的排放對水資源造成的危害巨大，已經成為危害群眾健康的一個“源頭”。目前，法律的不規范，環保意識的薄弱，造成了醫療廢水直排和各大醫院存在的“高污染，低治理”現狀。
目前各大醫院并沒有對具有嚴重危害性的醫療廢水進行合理處置，忽略了廢水中病毒傳染可能導致的水污染惡性事件。同時，國家的相關立法也需要及時跟進，對醫療費水的處理作出更加明確的規定，各級環保部門也應加強管理和環保意識的普及。相關資料與工業廢水相比，醫療廢水對環境的影響更大，危害也更大。醫院在運行過程中，不可避免地產生了具有直接或者間接感染性、毒性以及其他危害性的廢水，這些廢水的來源決定了其成分復雜性，涉及多種生物性、化學性或放射性污染。醫療廢水中除含有大量的細菌、病毒、蟲卵等致病原體外，還含有化學藥劑和放射性同位素，具有對空間污染、急性傳染和潛伏性傳染的幾大特征。如果含有病原微生物的醫療污水，不經過消毒、滅活等無害化處理，而直接排入城市下水道，往往會造成水、土壤的污染，嚴重的會引發各種疾病，或導致介水傳染病的暴發流行。下面介紹幾種不同的處理工藝：
格柵井
污水中含有大量較大的懸浮物和漂浮物，格柵的作用是截留并去除上述物質，對水泵和后續處理單元起保護作用。格柵井位于提升井的正上方，采用鋼砼結構與調節池合建一體，格柵井的上方建有格柵間一座，防止柵渣傳播病毒，為協調周圍環境，可對格柵井外面作美化處理。操作人員可定期對柵渣消毒、清理、外運，作為醫療垃圾焚燒掉。為減輕操作人員的勞動強度，和改善工作環境，保證污水除渣的效果，格柵井內設置1臺機械格柵和1臺提籃格柵。機械格柵和提籃格柵采用不銹鋼材料制成，具有耐腐蝕，機械格柵自動從污水中清理柵渣，管理方便，故障少、維修率低。
調節池
調節污水水質水量。調節池采用地下封閉鋼砼結構，與其它處理單元合建在一起，節省基建投資，池頂上覆土，為檢查維修方便，在調節池的邊角處設有檢查孔，可定期對調節池進行維護;調節池中設有潛水攪拌機，定期攪拌，防止懸浮顆粒沉淀。
絮凝沉淀池
用于去除污水中的懸浮污染物，減少了懸浮物對消毒劑的干擾，節省消毒劑的用量，并為余氯在線自動監測提供良好的環境。為減小占地面積，采用豎流式沉淀池，采用地埋式鋼筋混凝土結構，與其它處理單元合建在一起，池頂上覆土，為檢查維修方便，在絮凝沉淀池的邊角處設有檢查孔，可定期對調節池進行維護。污泥沉積在泥斗中，通過污泥泵定期經污泥管排入污泥濃縮池中，出水自流入消毒接觸池。
消毒接觸池
沉淀池出水進入消毒接觸池，使污水與消毒劑保持一定的接觸停留時間，保證消毒劑有效地殺死水中細菌，出水排放至市政管網。根據《醫療機構水污染物排放標準》(GB18466-2005)要求傳染病醫院污水接觸時間不宜小于1.5小時，綜合醫院污水接觸時間不宜小于1.0小時。北京某醫院是含有傳染科的綜合醫院，所以，接觸池的水力停留時間采用1.5小時。采用地埋式鋼筋混凝土結構，與其它處理單元合建在一起，節省基建投資，池頂上覆土，為檢查維修方便，在接觸氧化池的邊角處設有檢查孔，可定期對調節池進行維護。接觸池內設置導流墻，避免短流，在接觸池的出口設置余氯自動監測設備，以便及時調節消毒劑的投加量。