潔凈手術部以手術室為中心，與其他輔助用房有機地結合在一起（包括設備用房），構成一個相對獨立的醫療區。手術室對環境要求十分嚴格，因此，手術部位置的選取應盡量滿足以下條件：
1、手術部在建筑平面中的位置，應自成一區域或獨占一層，以防止其他部門人流、物流的干擾，并有利于保持手術部的環境質量。
2、手術部與一些相關部門密切，為了提高醫療質量與醫療效率，應使手術部與相關部門保持便捷的通道。
3、醫院手術部的布置，首先應選擇設于醫院裙房的zui高層，并在此前提下，應盡量設在有設備層的下一層，而不宜設在底層，以避免干擾。
4、應與監護病房、恢復室等相鄰。
5、手術中，病人隨時都需輸血，因此手術部需與血庫靠近。
6、因手術常需要作病理切片，因此手術部應與病理科相鄰。
7、手術部應與中心供應室靠近。
8、手術部距外科病房越近越好，這也是由于外科病人手術治療的比例大于其他科室。
9、手術部應盡量鄰近急診科室，以便隨時接診搶救應急手術病人。
手術室的數量是按床位計算的，綜合醫院為每50床設置一個手術室（含石膏手術床），其計算方法可按下式計算：
L=B*365/T*1/W*1/N
L－手術室數量
B－醫院中各科室病人需要手術的總床數
T－平均住院日（天數）
W－手術部全年工作日
N－平均每個手術室每日進行手術次數
醫院也可根據實際使用經驗確定，但不少于2間。
根據各級醫院功能的界定，中型綜合醫院手術室凈化級別應在Ⅱ級以下（含Ⅱ級），小型綜合醫院手術室凈化級別應在Ⅲ以下（含Ⅲ級），而根據我們的經驗，中、小型醫院由于資金等問題，一般只設置Ⅲ級和Ⅳ級潔凈手術室，從實際使用中觀察，其也可滿足醫院的使用要求。手術部內，人、物的活動搬移頻繁，包括醫護人員、病員、潔凈物品以及術后污染物品，如果手術部平面布局設計不合理，就會增加手術失敗的幾率或者降低手術室使用效率因此，手術部的平面設計要求各類人、物進出線路清晰、簡短，防止交叉感染，不同潔凈級別區域分區明確。
《規范》里明確指出：“潔凈手術部的內部平面和通道形式應符合便于疏散、功能流程短捷和潔污分明的原則”，并建議醫院根據具體平面，合理選用單通道、 雙通道和多通道等多種形式，其原則是：
1、單通道布置應具備污物可就地消毒和包裝的條件。
2、多通道布置應具備人和物均可分流的條件。
3、潔、污雙通道布置可不受上述條件限制。
4、中間通道宜為潔凈走廊，外廊宜為清潔走廊。
醫護人員（經過沐浴、更衣后）、病員（經過換床）及潔凈物品可以公用一條潔凈走廊。手術后的污染 物品是zui大的污染源，zui容易引起感染，因此，術后污染物應就地處理后從zui短的、單獨的路線運出，以便縮小污染范圍，使污染不擴散。所以在空間允許的情況 下，建議采用潔、污雙通道的布置形式，現時大部分醫院也均采用這種模式。
除了潔凈環境和布局，凈化空調系統也是潔凈手術部至為緊要的組成部分。手術的成敗很大部分取決于感染的控制，感染主要有兩條途徑：接觸途徑的交叉感染和空氣途徑的感染。凈化空調系統是現時控制空氣途徑感染的zui有效辦法。要創造一個理想的無菌手術環境，須采取以下措施：
1、通過空氣過濾將送風空氣中所有微生物粒子清除掉。
2、使用氣流技術使室內無菌無塵。
3、采用氣壓控制，實現整個手術部有序的壓力梯度分布。
4、以合適的溫濕度調節抑制細菌繁殖，降低人體發菌量。
5、排除室內有害氣體與氣味，保持室內良好的空氣品質。
實際應用中不可能*做到以上五點，所以《規范》根據不同的使用要求將手術室凈化級別分為四級。可以采用不同的空調系統實現無菌化，在大型綜合醫院里，通常采用集中式空調系統，這種方式在提供溫度、濕度、凈化空氣、去除臭味等各方面都可以達到滿意效果，而且維護、控制也很方便，是一種比較理想的空氣處理方式，但初期投資也高出其他方式。《規范》也考慮到醫院的資金情況，所以允許Ⅳ級潔凈手術室和Ⅲ級、Ⅳ級潔凈輔助用房配備帶亞的潔凈型風機盤管或室內立柜式凈化空氣處理機組。但是由于技術問題，現 在市場上可供選擇的潔凈型風機盤管或室內立柜式凈化空氣處理機組并不多，而且噪音很難達到《規范》要求。由于潔凈手術室對細菌、溫度、濕度、噪音以及正壓等控制要求很嚴格，手術室不推薦使用潔凈型風機盤管或室內立柜式凈化空氣處理機組，而采用較理想的集中式空氣處理機組，保證手術室的使用效果。輔助用房空調系統可以考慮采用潔凈型風機盤管，不過要小心處理噪音問題，適當地增加消音設備。
由于潔凈手術部建設初期投資很高，合理地選取手術室凈化級別和空調系統是潔凈手術部建設首要的考慮，手術室凈化級別提高一級，其初期投資和運行費用也會相應地提高許多；同樣，不同的空調系統也會有很大區別，因此，醫院應根據各自的實際情況制定潔凈手術部建設的標準，而不是盲目地追求別、大規模。