1、無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在20-24℃，濕度保持在45-60%。超潔凈工作臺潔凈度應達到100級。
2、無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。
3、嚴防一切滅菌器材和培養基污染，已污染者應停止使用。
4、無菌室應備有工作濃度的消毒液，如5％的甲酚溶液，70％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液，等等。
5、無菌室應定期用適宜的消毒液滅菌清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
6、需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法滅菌。
7、工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在緩沖間更換工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
8、無菌室使用前必須打開無菌室的紫外燈輻照滅菌30分鐘以上，并且同時打開超凈臺進行吹風。操作完畢，應及時清理無菌室，再用紫外燈輻照滅菌20分鐘。
9、供試品在檢查前，應保持外包裝完整，不得開啟，以防污染。檢查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。
10、每次操作過程中，均應做陰性對照，以檢查無菌操作的可靠性。
11、吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管。
12、接種針每次使用前后，必須通過火焰灼燒滅菌，待冷卻后，方可接種培養物。
13、帶有菌液的吸管，試管，培養皿等器皿應浸泡在盛有5%來蘇爾溶液的消毒桶內消毒，24小時后取出沖洗。
14、如有菌液灑在桌上或地上，應立即用5%石碳酸溶液或3％的來蘇爾傾覆在被污染處至少30分鐘，再做處理。工作衣帽等受到菌液污染時，應立即脫去，高壓蒸汽滅菌后洗滌。
15、凡帶有活菌的物品，必須經消毒后，才能在水下沖洗，嚴禁污染下水道。
16、無菌室應每月檢查菌落數。在超凈工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化并冷卻至約45℃的營養瓊脂培養基約15ml，放至凝固后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，證明無菌后，取平板3～5個，分別放置工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，取出檢查。100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落。如超過限度，應對無菌室進行*消毒，直至重復檢查合乎要求為止。