在了解到設計所需的所有條件、需求以及要求后，之后就是對整個設計范圍劃分系統，系統該如何劃分，這個在潔凈廠房設計規范里有明確的建議：
1、運行班次或者使用時間不同；
2、生產工藝中某工序散發的物質或氣體對氣體工序的產品質量有影響；
3、對溫、濕度控制要求差別大；
4、凈化空調系統與一般空調系統；
這是規范中給出的系統劃分原則，后面經過總結，又將其進行了細化，分為以下部分：
1、潔凈度，溫、濕度及其精度相同或相近的潔凈房間宜劃為一個凈化空調系統。便于潔凈度和溫、濕度的控制。
備注：因為集中空調都是統一的送風溫差，如果不同房間溫濕度及其精度要求不同，那么在這個統一的送風溫差的基礎上就很難去保證每個房間都達到設計要求。
2、距離較近的潔凈房間宜劃為一個系統，可減少系統管道的長度和管道交叉。
備注：集中空調都是通過風管去送風，如果同一個系統離的太遠，那么風管就太長，阻力大，平衡不好控制，而且還浪費風管。
3、有條件時可將4級、5級單向流和6級、7級、8級非單向流組成混合流凈化空調系統。
備注：這條在醫藥上用的比較多，比如醫藥的*，類似于5級，因為做出5級的環境耗費頗大，所以一般只要求局部做成5級（也就是工藝需要的小范圍區域，5級屬于單向流），而大環境有B級即可，B級使用非單向流就可以滿足條件。
4、潔凈室不宜與一般空調房間合為一個系統。
備注：之所以潔凈室與一般空調不宜用在一個系統，有很多方面的原因，比如送風末端不同，阻力不同，潔凈室用的風口，阻力大，而一般空調用百葉或者散流器，阻力小，這就不好去調節，而且他們在使用時間上也一般不相同，同時如果一般空調直接回風的話，還存在一定的污染風險。
5、使用規律和使用時間不相同的潔凈室不宜合為一個凈化空調系統。
備注：潔凈空調耗能特別大，所以如果可以不使用的話，則能少使用，特別是一些工廠的生產線，可能會存在一條線生產，另一條線不生產的情況，所以這種情況下，如果都設計成一個系統，那么久存在大量的浪費，一般業主也不會允許。
6、產塵量大、發熱量大、有害物多、噪聲大的房間宜單獨設計為一個系統。
備注：發熱量大，就會存在風量的負荷計算過大的問題，與其他房間相比，同樣的送風溫差下，要送更多的風，也存在個浪費。
7、混合后會產生劇毒、引起火災和爆炸的房間不應合為一個凈化空調系統。
備注：凈化空調為了節能，能夠回收利用的空氣，都不會直接排放，可是不同房間的回風如果混合了產生問題，就不值得了。
8、易燃易爆的甲、乙類房間應單獨設系統，而且應為不回風的直流系統。
備注：這是為了保證安全性，雖然用在一個系統，只送風，全排，理論上不存在交叉污染的問題，但這是理論上，實際使用中，因為誤操作等原因，產生問題也是有可能的。
9、一個凈化空調系統不易過大。一般情況下，凈化送風量不宜超過100,000 m³/h，否則空氣處理設備過大、噪聲大、送回風管道大、占空間和面積大，使用也不靈活。
備注：風量過大，風管就太大了，相應的各方面都存在問題，所以一般都不會設計的太大。
10、凈化空調系統劃分時還應考慮到送風管、回風管、排風管以及水,電,氣等管線的布置，盡量作到合理、短捷、使用管理方便，盡量減少交叉和重疊。
備注：潔凈室的系統太多，需要占用大量的吊頂空間，所以在可能的前提下，盡量節省空間，一個項目設計完必然要做空間管理。
11、凈化空調系統新風的熱濕和凈化處理可集中也可分散設置。
備注：如果系統過多，新風較大，新風集中處理，非常節能，而且潔凈室的污染經常是來個室外新風，所以將新風獨立出來單獨處理，可以減少其他空調過濾器更換的時間，當然了，畢竟新風處理要單獨設計一臺新風機組MAU，成本增加了，所以新風太少，就不值得這么做了。