微生物污染的控制，從生物潔凈技術的角度而言，有四個原則：
1、對進入凈化車間的空氣充分地進行除菌或滅菌（如用濾器、電子自凈氣、臭氧發生器等）。
2、使室內微生物顆粒迅速而有效地吸收并排出室外（換氣次數及*的進風口與回風口的設計）。
3、不讓室內的微生物粒子集聚和衍生（氣流組織形式及合格的凈化裝修）。
4、防止進入室內的人員或物品散發細菌，如不能防止，則應盡量限制其擴散。
在上述原則中：1和4兩項與除菌及滅菌的措施，操作及管理有關。而2和3兩項與室內氣流組織換氣次數有關。良好的氣流組織可以使這兩項內容得以完成。
凈化車間微生物的污染控制，是嚴格的管理和限制人員的除菌率密切關聯的。良好的除塵、防菌措施，例如：防塵服、防靜電設施等均是生物潔凈技術中十分重要的內容。